「座席指定による快適な通勤」を望む人たちの需要に応えて設定された列車。運行上は快速列車のイメージだが「快速」という種別にはなっておらず「ライナー」として扱われていた。1987年10月に特急白鳥号の間合いで上沼垂の485系を使用して臨時列車として運転されたが、1988年3月より定期列車となった。
その時から特急雷鳥用の485系（向日町）を間合い使用していたが、雷鳥からサンダーバードへと移行していった時期に車両が681系に変更されるのに合わせて特急格上げとなり、愛称も「びわこエクスプレス」に変わった。車両としてはスーパー雷鳥用の編成を使用していたこともある
描かれているデザインは琵琶湖を中心にせせらぎを表現、そして琵琶湖に生息するカイツブリをペアで添えている。
びわこライナーのヘッドマーク
【HM登場】1987年10月14日（1988年3月13日）
【HM引退】2003年5月31日
【HM使用期間】15年7か月
※ 臨時列車として登場したときにこのイラストマークが登場していたかどうかは未確認。
