九州新幹線鹿児島ルートのつばめ号に最初に採用されたロゴマーク。新八代以南で部分開業していた頃は日常的に見ることができたが、全線開業の2011年3月以降はさくら号が設定されてその運用にも就くことになる(多くはN700系山陽九州仕様だが)ため、このロゴマークは変更されることになった。国鉄の客車特急だったころのヘッドマークの面影があるデザインに懐かしさを感じた人もいただろうが、車両=列車名でない場合はこうしたロゴは混乱を招くため採用されないケースが多い。
「つばめ」の文字はJR九州・石原進社長(当時)が書いたもの。
【ロゴマーク登場】2004年3月13日
【ロゴマーク引退】2011年3月前半ごろ消滅
(形式ロゴとアラ九マークに変更)
【ロゴマーク使用期間】約7年