秋田新幹線用として登場したE3系。ミニ新幹線第二世代として清々しいホワイトとシルバー、そしてピンクのラインを身にまとって白銀の世界を駆け抜けたイメージが強いこまち号。そのロゴマークも親しみやすさを感じるひらがな書きの「こまち」の文字が印象深い。E2系との併結運転を日常的に見られた。
実際にはやまびこやなすのの運用にも就いていた。
E3系こまち号のロゴマーク
【ロゴマーク登場】1997年3月22日
【ロゴマーク引退】2014年3月14日
（翌日からE6系に統一）
【ロゴマーク使用期間】6年11カ月
